Atelier de l’Ecole doctorale : Lyx, Latex and friends

Murat Yıldızoğlu - Université de Bordeaux

2013/2014

Actualisation : 8/5/2014

• Une mise en page indépendante du contenu des documents et facilement modifiable selon le besoin (passage d’un article vers les transparents pour sa présentation);
• une très belle présentation du texte et des équations mathématiques;
• une gestion rigoureuse des références bibliographiques dès le début de la thèse;
• une récupération de ces références sur internet, à partir des sites web des journaux;
• une intégration des résultats de calculs scientifiques avec R-project et Sage (Mac ou Linux)

Cette page vous présente le contenu de l'atelier et vous donne des pointeurs vers des informations complémentaires et des logiciels.

Partie A - Présentation de l'atelier

Logiciels discutés (tous disponibles sous Windows, OSX et Linux, voir ci-dessous les liens pour leur installation)

• Latex, bibtex : système de composition de textes et de citation automatique de références bibliographiques
• Lyx : une interface graphique pour rédiger du LaTeX et bien plus
• TeXMaker : un bon éditeur LaTeX multi-OS.

• R-project : logiciel de statistique-économétrie libre, puissant et gratuit
• RStudio : Interface graphique pour R-project et éditeur de LateX et de Markdown
• knitR : package de R-project qui permet d'intégrer des résultats de calculs avec R dans un document LateX compilé
• Zotero : Extension de Firefox pour récupérer des références bibliographiques et des fichiers sur internet (GoogleScholar, ScienceDirect, JStor, etc.) et de les exporter pour bibtex (mais aussi Word et OpenOffice)
• Zotfile : Extentions de Firefox pour mieux gérer les fichiers PDF téléchargés par Zotero.
• Jabref : Gestionnaire de bases de références bibtex pour PC et Mac
• Bibdesk : Excellent gestionnaire de bases de références bibliographiques pour Mac
• Sage : Logiciel libre de calcul scientifique

Planning des séances (pour un total de 8h) :

• Cinq heures seront dédiées à l’introduction à LaTeX, Lyx et la création de documents :
  • Introduction à LaTeX;
  • Principaux types de documents de LaTeX pertinents pour la recherche;
  • Ecrire un article en LaTeX;
  • Créer des graphiques en PDF;
  • Introduction à LyX et création de documents avec LyX;
  • Créer des transparents avec LaTeX : présentation de la classe de documents Beamer.
  • Transparents du Chapitre 1 : PDF - LyX

Logiciels que vous devriez installer avant cette séance : Lyx et un système LaTeX (Miktex avec LyX sous Windows ou MacTeX pour OSX, voir ci-dessous), TeXMaker (optionnel)

• Une heure sera dédiée à la gestion de la bibliographie sous Lyx et avec Zotero:

• Principes de base de bibtex;
• Edition des bases de références bibtex;
• Récupérer des références et des documents sur le Net grâce à Zotero.
• Transparents du Chapitre 2 : PDF - LyX

Logiciels que vous devriez installer avant cette séance : Extension Zotero dans FireFox ou Zotero stand-alone, Bibdesk sous OSX ou JabRef sous Windows ou autre systèmes.

• Une heures sera dédiée à l’intégration avec R-project pour les calculs statistiques (knitr):

• Présentation du système knitR de connexion entre LyX et R-project
• Astuces pour une bonne intégration
• Transparents du Chapitre 3 : PDF - LyX

Logiciels que vous devriez installer avant cette séance : R-Project, library knitR, RStudio (optionnel)

• Une heure sera dédiée à d’autres possibilités offertes par cette plateforme (exemple : intégration avec calculs scientifiques grâce au logiciel Sage).

• Introduction à Sage
• Intégration avec LyX

Logiciels que vous devriez installer avant cette séance : Sage sous OSX ou Linux, Module LyX pour Sage.

Pré-requis :

Connaissance de base d’un PC ou d’un Mac et de Firefox. Installation de logiciels. Les participants de l’atelier sont invités à installer Lyx, Miktex (sous Windows) ou Mactex (sous OSX) ou TexLive (sous Linux) et R-Project avant la première séance. Voir les sites web correspondants ci-dessous. Zotero est une extension de Firefox et doit être installé à partir de cette fonctionnalité de Firefox. Logiciel(s) utilisé(s) : Lyx, Latex, bibtex, knitR, Zotero, Jabref, R-project (tous disponibles sous Windows, OSX et Linux).

Partie B - Aide et références :

(c) Murat Yildizoglu